微波殺菌設備在食品行業中的應用主要對于在加工過程中有菌落總數超標，大腸桿菌、霉菌超標的食品進行殺菌處理。

        微波殺菌設備廣泛應用于各種小包裝食品、糕點、餅干、果脯、豆制品、熟食、調味品等的微波殺菌處理和防霉、殺菌保鮮；也適用于對海產品 的殺菌。面包、糖、干果、茶葉、煙葉、果蔬菜等糧食制品的膨化、脫水、干燥、殺菌防霉處理；各種口服液、中西藥材、藥丸、藥片、藥粉等的干燥與殺菌處理； 休閑、薯片、土豆片、蝦片、魚干、魚胞等的膨化；冷凍食品的解凍；大豆干燥脫腥。微波能技術在食品、化工、制藥等加工中的應用，不緊限于干燥、殺菌，更可 用于烘焙、膨化、熟化、回溫解凍、醇化、催熟等，有力地促進了各行業的發展，提高產品品質，更對開發新產品提供了有力的新技術手段。使用微波殺菌設備在食品行業中的應用是根據不同的食品和工藝來設計各種不同規格的微波殺菌設備。

       微波殺菌設備是非標定做的設備，微波殺菌設備的功率，微波殺菌設備的外形尺寸都需要根據不同產品，不同場地來設計制造各種微波設備